Открытие ученого Тосиаки Нагасима обещало служить на благо человечеству. Но вскоре выяснилось, что вековой паразит всего лишь ждал своего часа, чтобы восстать и зажить самостоятельной жизнью. Они живут в каждом из нас, но только та митохондрия, что родом из Африки, которую назвали Евой, может управлять всеми остальными, как армией, где бы они не находились…

Из-за сильного потепления на Земле критическая ситуация: ресурсы на исходе, растительность почти исчезла. В борьбе за выживание грабежи и разбой стали привычным делом. Чтобы снизить солнечную активность, к светилу отправляется космический корабль со сверхмощной бомбой для реализации проекта «Встречный пожар». Но в составе экипажа улетает диверсант — искусственный человек «Делайла».

В 2038 году группа мусорщиков входит в комплекс Kyron-5 в поисках драгоценного вещества Texmexium. Все они погибают, кроме механика Бруклина. Он встречает странствующего Texas Ari Ranger и двух детей. Чтобы спасти себя и человечество от гнева Kyron-5, они должны его уничтожить. Бруклин находит GUNHED (Gun UNit Heavy Elimination Device), боевого робота, и восстанавливает его. Тем временем Babe трансформируется в био-дройда и ищет сержанта Nim и Texmexium, который она украла. Чтобы спасти её и уничтожить Kyron-5, Бруклин должен справиться со своей боязнью кокпитов и пилотировать GUNHED до вершины башни. По пути он сталкивается с защитными системами комплекса.

Действие разворачивается в маленьком городке в Японии, который в начале фильма предстает в разрушенном виде. Военные проводят свое расследование, в результате которого им удается обнаружить огромного боевого робота. Он называется Могера и является собственностью инопланетной расы с далекой планеты Мистероид. Инопланетяне выдвигают серьезные требования землянам – чтобы те выделили им землю, где можно было бы построить базу. Мистериане желают земных развлечений и плотских утех с женщинами и грозят войной. Но земляне отвечают на их требования отказом, и пришельцы решают атаковать.